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玉溪農業職業技術學院的前身是國家級重點中專——玉溪農業學校，成立于1956年，1991年經省教委評估為合格中專學校，1993年被省政府認定為省部級重點中專學校，2000年首批步入國家級重點中專的行列。2002年3月22日，經云南省人民政府批準、教育部備案，獨立升格為以舉辦高等職業教育為主的、面向全國招生的全日制公辦高等職業學院。玉溪農業職業技術學院目前已經形成以專科層次全日制高職教育為主，普通專科、成人本(專)科、普通中專、短期培訓等為輔的多層次、多渠道、多形式的辦學格局。學校遵循現代職業教育發展的教育教學規律，以立德樹人為根本、以服務發展為宗旨、以促進就業為導向、以技術培養為核心、以能力建設為重點，實施“六合”模式(工學結合、教練融合、校企聯合、校企合作、院院合作、院校合作)，突出“三性三實”(突出實踐性、開放性和職業性;突出實驗、實訓、實習);采用“學院+企業+基地”，“學院+企業+基地+客戶”，“學院+科研所+基地”等的辦學模式;建設好兩個基地，即“高級應用型技術技能人才培養基地”、“農業科技研究和新技術推廣基地”，立足玉溪、服務云南、面向全國、拓展東南亞、辦人民滿意的教育，為云南現代高等職業教育和玉溪經濟社會發展做貢獻。在近60年的辦學歷程中，教育教學改革方面卓有成效，為社會培養出了3萬多名高素質的現代農業科技帶頭人和技能型人才，深受社會各界和用人單位好評。2012年，學院順利通過國家教育部人才培養工作的評估。
學院占地300余畝，擁有48個校內實訓實驗室、2個校內農場、1個養殖場，49個校外實訓基地，多媒體教室90間，座位數5184個。教學行政用房3.3萬平方米，教學科研儀器設備1427.2萬元，圖書館藏書37.2萬冊，其中電子圖書20萬冊，學生宿舍2.7萬平方米。
學院下設農林科學系、信息技術與電氣工程系、經濟管理系、動物科學系、建筑與環境藝術工程系、食品藥品工程系，全日制在校專科生5000人，各類中短期培訓在2700人次/年;學院有教職工252人，其中專任教師148人，校內兼職教師59人，具有正高職稱5人，副高職稱61人，中級職稱98人，博士、碩士學位88人，雙學位1人，“雙師素質”教師113人;省級教學名師2人，省級教學團隊2個;國家級心理咨詢師9人。
2008年煙草栽培技術專業校外實訓基地建設成為了省級示范性實訓教學基地。2009年畜牧獸醫專業校外實訓基地建設成為了省級示范性實訓教學基地。2010年，學院被云南省高職高專學會評為“云南省職業教育先進集體”。2012年煙草栽培技術專業獲中央財政“支持高等職業學校提升專業服務產業發展能力”項目支持。
2012年，被云南省教育廳評為“云南省高等學校教學管理工作先進集體”。
2012年，煙草栽培技術專業獲中央財政“高等職業學校提升專業服務產業發展能力”項目支持;2013年該項目通過中期驗收，其專業建設案例被遴選為教育部“高等職業學校提升專業服務產業能力”建設項目典型案例在全國進行推廣。
2013年學院成功申報為“云南省現代農業技術培訓基地”;同年，云南省第110職業技能鑒定所榮獲 “云南省2013年度職業技能鑒定所先進單位”稱號。
近年來年學院加大對外交流活動力度，面向南亞、東南亞10國舉辦了農業技術國際培訓班;加入了中國食品藥品職業教育聯盟，與江蘇食品藥品職業技術學院簽訂校際合作協議，并派出學生進行學習交流;與臺灣環球科技大學、臺灣國立屏東商業技術學院、臺灣屏東科技大學建立合作意向等。