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云南大學始建于1922年，1923年正式開學，時為私立東陸大學，1934年更名為省立云南大學，1938年改為國立云南大學，是我國西部邊疆最早建立的綜合性大學之一。1937年，著名數學家、教育家熊慶來出任校長，一大批著名學者受聘到校任教，奠定了學校較高的發展基礎和深厚的學術底蘊，開創了云大辦學歷史上的第一個輝煌時期。20世紀40年代，云南大學已發展成為一所包括文、法、理、工、農、醫等學科在內，規模較大，在國際上有影響的中國著名大學之一。1946年，《不列顛百科全書》將云南大學列為中國15所在世界最具影響的大學之一。
五十年代院系調整，部屬云南大學一些重要而有特色的系科，如航空、土木、法律、鐵道等劃出并入當時的北京航空學院、四川大學、西南政法學院、長沙鐵道學院等高校；工、醫、農等先后獨立建校，并逐步發展為今天的昆明理工大學、昆明醫科大學、云南農業大學、西南林業大學等高校。1978年，云南大學被國務院確定為全國88所重點大學之一。
改革開放后，云南大學獲得了長足的進步。1996年首批列入國家“211工程”重點建設大學，2001年列入西部大開發重點建設院校，2004年成為教育部和云南省人民政府重點共建高校，2012年成為國家“中西部高校基礎能力建設工程”和“中西部高校綜合實力提升工程”實施院校，2017年成為國家首批42所“一流大學”建設高校之一，2018年躋身中西部14所“以部為主、部省合建”高校行列，2022年，繼續入選第二輪國家“雙一流”建設高校。
2023年4月20日，中共中央總書記、國家主席、中央軍委主席習近平致信祝賀云南大學建校100周年。賀信指出：100年來，云南大學秉承“會澤百家、至公天下”的辦學精神，扎根祖國西南邊疆民族地區，培養了大批優秀人才，為促進民族團結進步、服務區域經濟社會發展作出了積極貢獻。
站在新的百年征程起點上，學校將以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，持續深入學習貫徹黨的二十大和二十屆二中、三中全會精神，習近平總書記致云南大學建校100周年重要賀信精神，全面貫徹落實黨的教育方針，堅守為黨育人、為國育才初心使命；秉承“會澤百家、至公天下”的辦學精神，全面落實立德樹人為根本任務，以高質量發展為主線，以改革創新為動力，全面提升學校辦學水平和綜合實力，加快建設扎根祖國西南邊疆的中國特色的世界一流大學，為建設教育強國，為云南經濟社會發展，作出云南大學新的更大貢獻。