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山西醫科大學晉祠學院始建于2002年，是經教育部、山西省人民政府批準，由山西醫科大學主辦，社會力量參與，以新機制、新模式成立的山西省唯一的一所以醫學專業為主的全日制普通獨立學院。
學院老校區坐落在具有2500年悠久歷史的文化名城太原--晉祠，綠蔭環抱、清靜幽雅，是讀書治學的理想之地;新校區位于晉中市祁縣經濟開發區，毗鄰晉商發源地--喬家大院，是一所以“歐式建筑風格”為主題的大學校園。
學院是一所多專業、多學制的高等醫學院校。現設有四系一部，分別為臨床醫學系、口腔醫學系、護理學系、管理學系和基礎部，開設臨床醫學、口腔醫學、麻醉學、護理學、預防醫學、醫學影像技術、醫學檢驗技術、康復治療學等八個本科專業。涵蓋醫學、理學兩個學科門類。
學院現有專、兼任教師349人，其中教授45人，副教授82人，講師190人，高素質、專家型的教師隊伍為保障教學質量奠定了堅實的基礎。
學院根據國家中長期教育改革和發展規劃綱要(2010-2020年)以及“十三五”規劃，在進一步優化臨床醫學品牌專業的基礎上，為臨床醫學專業的學生開拓意大利、美國等國外碩博連讀升學渠道，同時把護理學專業建設為具有較強辦學實力，特色鮮明的品牌專業，并為護理專業的學生開創日本護士全額獎學金項目的就業渠道。以臨床醫學、護理學和麻醉學專業為龍頭，帶動其他專業協調發展。
學院注重課堂教學與臨床實踐的緊密結合，大力培養學生扎實的實踐動手能力，并組織學生從大學一年級開始，通過夏令營、冬令營以及醫護志愿者隊利用寒暑假到各大醫院進行臨床實踐鍛煉。先后在山西、北京、天津等地建立了教學實習醫院，為學生臨床實、見習教學以及畢業后的就業創造了優越的條件。
辦學以來，為了讓貧困學生順利完成學業,學院建立了“獎、助、貸、補、減、勤”的助學保障體系。
學院畢業生考研率逐年上升,分別考取北京協和醫院、首都醫科大學、第二軍醫大學、浙江大學醫學部、大連醫科大學等全國一流的醫學高校和科研單位，畢業生就業率保持在85%以上，特別是護理學專業的畢業生就業率保持在97%以上。2015年3月，學院成立關心畢業生工作委員會，對畢業生補習考研、成家立業定期跟蹤服務，為畢業生創造各種條件實現夢想，受到社會、特別是基層醫療單位的好評。
學院將繼續秉持教學“以學生為中心、以就業為導向”、管理“以教師為中心、以服務為宗旨”的辦學理念，全面加強內涵建設，進一步解放思想、深化改革、加強管理、狠抓落實，努力把學院建設成結構合理、質量上乘、特色鮮明的“復合型、應用型、技術型”大學。