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上海交通大學生命科學技術學院、微生物代謝國家重點實驗室吳更教授與武漢大學王連榮、陳實教授團隊合作，揭示了細菌DNA硫化修飾中催化第一步反應的半胱氨酸脫硫酶發生構象變化，使其活性位點半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移動5.5埃以發起攻擊的催化機制。最新研究成果以“Structural Analysis of an L-Cysteine Desulfurase from an Ssp DNA Phosphorothioation System”為題發表在《mBio》雜志上。劉立瓊等為第一作者，吳更、王連榮為通訊作者，上海交通大學生命科學技術學院、微生物代謝國家重點實驗室為第一單位。本文是團隊自2018年Nature Communications上發表的細菌采用SBD結構域識別硫化修飾DNA的結構機理及2020年Nature Microbiology上發表的II型DNA硫化修飾系統的SspB、SspE晶體結構的延續和擴展。在細菌的DNA硫化修飾（不管是早先發現的Dnd修飾系統還是新近發現的Ssp修飾系統）途徑中，都由一個半胱氨酸脫硫酶催化第一步的反應，即半胱氨酸脫硫酶的活性位點半胱氨酸對底物半胱氨酸上的硫原子發起親核攻擊反應，將活化的硫原子轉移到半胱氨酸脫硫酶的活性位點半胱氨酸上，以進行后續的將硫原子加進DNA的反應。2020年4月初團隊在Nature Microbiology上發表的文章“SspABCD-SspE is a phosphorothioation-sensing bacterial defense system with broad antiphage activities”，從探索海洋弧菌的高頻單鏈磷硫酰化修飾入手，通過比較基因組學和分子遺傳學手段，鑒定出以SspABCD為修飾元、SspE為限制元的單鏈磷硫酰化限制-修飾系統。該系統與之前發現的磷硫酰化（以DndABCDE為修飾元以產生雙鏈DNA磷硫酰化、DndFGH為限制元）的Dnd系統均迥然不同，并首次闡明了細菌磷硫酰化限制-修飾系統賦予宿主抑制噬菌體入侵的能力。同時，通過結構生物學和生物化學手段，解析了SspB蛋白的晶體結構，揭示其兩個保守motif的關鍵殘基對其DNA缺刻酶活性非常重要；解析了SspE蛋白的晶體結構，發現其N端結構域有依賴于DNA磷硫酰化修飾的NTP水解酶活性，而其C端結構域有DNA缺刻酶活性，從而闡明了該系統DNA磷硫酰化修飾與限制兩部分功能耦合的分子機理。研究還發現SspABCD作為修飾蛋白在宿主基因組DNA上產生磷硫酰化修飾，SspE作為限制元能夠感應基因組DNA上的磷硫酰化修飾從而區別宿主自身與外源的遺傳物質，并利用其核酸酶活性對入侵噬菌體的DNA進行大范圍的缺刻，從而抑制噬菌體DNA的復制。本研究解析了新發現的II型DNA硫化修飾系統中的半胱氨酸脫硫酶SspA（來源于弧菌）與底物半胱氨酸的復合物晶體結構，分辨率為1.8埃。結構揭示SspA通過其天冬酰胺N150和精氨酸R340殘基來識別底物半胱氨酸，如果將這兩個殘基突變則會嚴重破壞細菌的DNA硫化修飾。在結構中，SspA的活性位點半胱氨酸C314與底物半胱氨酸的距離長達8.9埃，這就產生了一個有趣的問題——SspA是怎么催化脫硫反應的？通過計算機分子動力學模擬，作者發現SspA的活性位點半胱氨酸C314在催化過程中向底物半胱氨酸移動了5.5埃，從而把它們之間的距離縮短到便于發生反應的范圍內。本研究通過簡正模式分析，發現弧菌的SspA、大腸桿菌的IscS、鏈霉菌的DndA（這兩個都是I型DNA硫化修飾系統的）的活性位點半胱氨酸雖然處在不同的相對位置和不同的二級結構上，但都有著向各自的底物半胱氨酸的運動。本研究進一步通過在上海光源BL19U2生物小角X射線散射（簡稱SAXS）線站收集的數據，從頭搭建了SspA在溶液中結構的分子模型。發現SspA在溶液中的結構與分子動力學模擬后SspA的結構更為接近，它們之間的SAXS數據的χ2偏差只有1.04埃，遠低于從SspA的晶體結構推算出的SAXS數據之間的χ2偏差3.70埃。這從實驗上證實了前述的計算機分子動力學模擬和簡正模式分析的結果。弧菌SspA的活性位點半胱氨酸在催化過程中，活性位點半胱氨酸朝向底物半胱氨酸移動了5.5埃的距離（A）分子動力學模擬  （B）簡正模式分析  （C）小角X射線散射實驗數據與晶體結構經過分子動力學模擬后的結果和晶體結構的比較  本研究通過X射線晶體結構解析、分子動力學模擬、小角X射線散射等多種研究手段的結合，揭示了細菌DNA硫化修飾這一神奇現象中催化關鍵的第一步半胱氨酸底物脫硫反應的酶的催化機理，解答了半胱氨酸脫硫酶家族是如何克服活性位點半胱氨酸與底物半胱氨酸之間很長的距離這一長期懸而未決的問題，使人們對于細菌DNA硫化修飾的認識和理解又前進了一步。該研究獲國家自然科學基金（31872627、31670106）的支持。????

1. 痛點問題 隨著信息化時代的發展，生活中的一切都在數字化，對信息存儲的要求也越來越高。據IBM統計，人類每天創造的數據已達到2.5百億億byte，大約相當于5億部高清電影的下載。互聯網數據中心（IDC）的研究顯示，到2020年數據總量（包括結構化數據和非結構化數據）的年復合增長率達將達到42%，2010~2020十年間，世界上數據總量從1 ZB增長到50 ZB，共增長50倍。 面對巨大的數據量，傳統存儲介質的存儲能力以及材料的消耗與信息存儲需求間將會面臨嚴重不平衡狀態。人類工廠生產的可存儲設備總存儲容量與數據產生總量間差距越來越大，到2020年幾乎達到兩倍的差距。根據目前硅基存儲的發展趨勢推測，可用于信息存儲的硅儲量將在2040年被完全耗盡。因此，尋找硅基存儲的替代物，開發高效穩定低成本的新型存儲介質，實現低成本，高效穩定且長期的數據存儲是目前信息時代社會發展亟待解決的關鍵問題之一。 2. 解決方案 DNA在近年來被認為是一種未來具有巨大應用前景的數字存儲介質。首先，相比較于傳統存儲介質，在數據保存壽命和存儲密度上都有著極大的優勢。在自然界中，DNA長久以來作為是承載生物體遺傳信息的主要物質，地球發現的最早古生物藍細菌，DNA作為其遺傳物質已經存在了幾十億年，且在極端條件下仍然可以保存。在存儲密度方面，DNA數字存儲理論上可以達到455 EB/克 （4.55 × 1011GB/克），大約 1018  bytes 或107 GB每mm3， 比傳統存儲介質提高了5-6個數量級。其次，在數據維護與備份成本方面，DNA數字存儲所需要的占地，資源，能源均遠遠小于傳統存儲介質。

XM-843 DNA結構及復制模型 ? XM-843DNA結構及復制模型顯示DNA的結構及復制。 尺寸：放大，20.5×20.5×11cm 材質：PVC材料

本發明公開了一種瀝青混合料多序列動態蠕變試驗數據處理及分析方法，通過設計一個巴特沃斯低通濾波器對試驗測得的蠕變變形數據進行低通濾波，得到平滑的蠕變曲線，再分別計算每個加載序列的平均永久應變率，然后根據公式計算評價瀝青混合料蠕變特性的三個指標：應變率敏感指數SRSI、復合平均永久應變率CAPSR、復合蠕變勁度模量CCSM：SRSI越大，意味著該應力狀況對材料蠕變的影響越顯著；CAPSR則代表了多種復雜應力狀況下的等效應變率，該值越大，表明在材料在一次加載中產生的永久應變越大，材料的高溫性能越差；CCSM代表了在蠕變試驗結束時材料的抗永久變形能力的強弱，該值越大，證明材料的高溫性能越好。

1. 痛點問題 本項成果涉及新型疫苗的設計與應用，具體涉及生物大分子藥物及疫苗的研發過程中的抗原精準設計。 2. 解決方案 基于AI的大分子藥物及疫苗抗原設計。

本發明構建一種新型混合佐劑 DDA/PolyI:C。該混合佐劑組 (AMM+DDA/PolyI:C)和單獨佐劑組(AMM/DDA)分別加強免疫 小鼠兩次后，脾臟淋巴細胞經抗原 AMM 刺激后，皆可產生分泌較僅 有融合蛋白 AMM 組高的 IFN-γ; 肺部荷菌量試驗表明佐劑實驗組加 強 BCG 免疫后，肺部荷菌量都較 PBS 組低;肺組織病理分析顯示混 合佐劑組 AMM+DDA/P

中試階段/n該項目利用該室自己分離鑒定篩選到的增殖滴度高、免疫原性好的鄂A地方標準毒株，采用基因工程與病毒分子生物學的方法與原理，構建了6株基因缺失重組病毒，其中TK-/gG-/LacZ+已按新獸藥證書的要求，完成了中試與區域試驗，經動物實驗和中試應用證明該產品在產生抗體的時間和保護效果優于目前的國內外同類產品。克隆、鑒定、測序，在原核大腸桿菌、真核酵母和桿狀病毒表達系統表達了gG和gE兩個基因，用其表達產物建立了gG-ELISA（酶聯免疫吸附試驗）、gE-ELISA、gG-LAT（乳膠凝集試驗）和

一、產品介紹 用于儲存需要避光保存的疫苗、藥品、試劑等生物制劑和生物制品，適用于藥房、制藥廠、醫院、疾病預防控制中心、衛生所等 分類存儲，減少存取差錯 電子碼監管，極速自動盤點 數據互聯，實時監測 二、方案與案例 海爾智慧疫苗網：從問題疫苗、過期疫苗，到錯種疫苗，各類疫苗事件暴露出預防接種智能化水平不高、疫苗監管不科學不規范等問題，嚴重影響孩子的身體健康，也成為社會共同關注的焦點。 海爾智慧疫苗網以創最佳用戶體驗為中心，實現人、機、苗互聯互通的體驗迭代生態，創造性地顛覆只具備單向存儲功能的傳統疫苗冰箱,創造性重組誕生海樂苗智慧接種箱等物聯網屬性的網器，鏈接疫苗入口、疫苗出口等場景，實現了問題疫苗進不去，不是我的苗出不來，人苗透明可視，打通疫苗安全接種最后一公里，保證疫苗安全全程可追溯。 人·機·苗互聯互通的體驗迭代生態 具體來說，疫苗網通過取號、登記、接種、留觀四個環節的信息化、數據化、系統化，保障疫苗接種最后一環不出錯。接種前，接種點的取號叫號系統會提醒及顯示要接種的疫苗名稱、廠家信息、接種位置。來到接種臺后，護士會通過海樂苗接種箱掃描兒童“預防接種手冊”，接種箱小屏幕會顯示注射疫苗的名稱等詳細信息，隨后注射針劑自動彈出。如果疫苗已過期或不匹配，注射針劑則實時凍結，不會彈出。為確保精準無差錯，護士會手持針劑在冰箱上再一次掃碼，二次核對信息，并確認接種方式、部位，給予接種。 接種完成后，在30分鐘留觀期間，家長可以在屏幕上查看留觀“剩余時間”。留觀時間結束后，家長再次拿著“預防接種手冊”掃描二維碼，便可以離開門診。而家長可以通過手機端提前預約，事后跟蹤。 各生態攸關方的增值 同時，通過網器和場景形成體驗，通過體驗鏈接生態，構建疫苗網生態體系，疫苗網不僅提供疫苗存儲的專業設備及軟件系統，更通過并聯軟件、家電、家裝資源，以及海爾兄弟等深受兒童喜愛的文創類資源，不斷迭代疫苗接種點全場景方案，為兒童疫苗接種營造安全、健康的接種環境，實現了多方共贏。 比如：將安全接種場景方案迭代智慧接種場景方案，家長抱著孩子掃碼取號不方便，迅速迭代了接種點無感場景方案；鄉鎮接種點分散，路途遠，又迭代了移動接種場景方案；疾控中心疫苗海量存取繁瑣，容易出錯，迭代到了疫苗自動化存儲場景方案等等。 家長放心：使用疫苗網場景生態方案后，信息自動匹配，實現苗不錯、人不錯。家長也可以通過現場屏幕、手機端等進行信息核對，后期也能夠對注射信息跟蹤，確保了注射流程信息透明，由疫苗疑慮到疫苗接種信任的改觀。 兒童開心：疫苗接種點創設了兒童樂園似得場景體驗，接種流程有序規范，給予兒童由接種疫苗的哭泣體驗，提升到快樂體驗。 接種點省心：通過智能化、信息化升級，解放了接種點護士繁重的手工登記服務，避免人為差錯，使疫苗接種管理水平更科學有序，高效準確。 政府安心：通過物聯網，實現疫苗、兒童、接種人員等五碼合一，人苗匹配，追溯到最小單支，打通疫苗安全最后一公里，大大提高政府監管水平。

中試階段/n研究基于深度學習的視頻DNA技術，進行海量視頻近似拷貝搜索，面向千萬視頻庫的快速搜索技術，實現查重、檢索、敏感內容過濾等。該項目廣泛應用于視頻網站、新聞媒體、網絡資源、云數據中心、國家監管部門、版權監管部門等對媒體內容的查重、檢索與過濾等，具有較好的市場前景。