本發明公開了一種菲律賓刺參硫酸軟骨素多糖,其結構式如下:主鏈為硫酸軟骨素E結構,同時帶有硫酸巖藻糖構成的支鏈,該支鏈通過糖苷鍵連接在主鏈的β-D-葡萄糖醛酸上,且硫酸基的取代方式為75%3,4-O-SO4,20%2,4-O-SO4以及5%4-O-SO4。本發明還同時公開了上述菲律賓刺參硫酸軟骨素多糖的提取方法。該多糖具有抗凝血或者抗血栓的作用。