本發明公開了一種迭代空間模糊聚類的大腦磁共振圖像超體素生成方法,包括以下步驟:首先,由于人類大腦具有相同的拓撲結構,從基于群體的大腦MRI模板獲得一組種子模板;其次,為了排除部分容積效應的影響,提出了一種迭代空間模糊聚類算法,將體素分配給每個種子生成超體素。本發明能較好地應用于大腦磁共振圖像,生成有效的大腦磁共振圖像超體素。