本發明公開了一種污水處理系統信息安全在線風險分析方法及系統。本發明先建立系統模型,包括資產損失分析模型、人員損失分析模型、環境損失分析模型、效益損失分析模型、安全事件模型、功能支撐模型以及貝葉斯攻擊圖;然后各網絡節點作為從節點,監測其功能運行情況,并將監測結果發送給作為主節點的工程師工作站;最后主節點根據監測結果,利用建立的系統模型,分析系統損失。系統包括設置在工程師工作站上的主節點,設置在各網絡節點上的從節點,