本發明公開了一種獲取譜差異的方法及系統,其方法包括以下步驟:(1)采用測譜設備獲取多組背景光譜數據;(2)對獲得的背景光譜數據進行去平均處理,得到測譜設備的譜噪聲數據;(3)利用獲得的譜噪聲數據對目標光譜數據進行有效性判別,并將判別出的有效目標光譜數據與背景光譜數據相除得到表征譜差異的比值譜;其系統包括依次相連的數據采集單元、譜噪聲數據計算單元、目標光譜數據有效性判別單元和比值譜計算單元;本發明采用比值譜來反映光譜數