本發明提出一種與蘋果抗炭疽菌葉枯病基因位點緊密連鎖的分子標記及其應用,分子標記包括6個SNP標記以及5個InDel標記,分別為SNP3955,SNP4236,SNP4257,SNP4299,SNP4336,SNP4432,InDel4199,InDel4227,InDel4254,InDel4305及InDel4334。此外,本發明還提出篩選該標記的方法,以及上述標記的應用。本發明利用全基因組重測