本發明提供了一種基于InDel分子標記鑒定辣椒雄性不育三系配套雜交種真實性和純度的方法。其方法為:將辣椒雜交種和親本培育至芽苗期,提取DNA,應用核心引物對雜交種和親本進行篩選,只有共顯性標記的引物可以作為該雜交種真實性鑒定的分子標記。若辣椒雜交種和親本在核心引物庫中無法篩選出共顯性標記,則結合次級核心引物庫中繼續篩選,直至篩選出共顯性標記。本發明建立的快速、同時鑒定辣椒雄性不育三系配套雜交種真實