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2020年3月5日，東北師范大學(xué)在bioRxiv上上傳了一篇Strong evolutionary convergence of receptor-binding protein spike between COVID-19 and SARS-related coronaviruses的研究，該研究發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2和SARS-CoV存在遠(yuǎn)緣關(guān)系，但兩者都能夠通過同一受體ACE2感染人類宿主，并引起相似的臨床和病理特征，表明S蛋白可能存在趨同進(jìn)化。然而，其趨同的分子基礎(chǔ)仍不得而知。本研究中使用最近開發(fā)的分子植物生態(tài)學(xué)方法來研究趨同的分子基礎(chǔ)。分析表明，S蛋白在SARS-CoV-2和SARS-CoV相關(guān)分支沿線經(jīng)歷了大量有意義的達(dá)爾文選擇。進(jìn)一步研究顯示，SARS-CoV-2和SARSr-CoV類之間S蛋白的受體結(jié)合域（RBD）中趨同進(jìn)化的氨基酸位點(diǎn)比例異常高，導(dǎo)致RBD序列在系統(tǒng)發(fā)生上的聯(lián)合。除了S蛋白，作者還發(fā)現(xiàn)其伙伴蛋白ORF3a的趨同進(jìn)化。結(jié)果表明，SARS-CoV-2與SARSr-CoV之間具有很強(qiáng)的適應(yīng)性趨同進(jìn)化，可能促進(jìn)它們對(duì)類似或相同受體的適應(yīng)性。最后，作者指出，許多觀察到的蝙蝠SARS-like-CoVs與SARS-CoV-2和SARS-CoV的S蛋白的RBD序列存在趨同進(jìn)化，可能預(yù)先適應(yīng)人類宿主受體ACE2，因此將是潛在的新的冠狀病毒來源。

項(xiàng)目成果/簡介:云南大學(xué)省部共建云南生物資源保護(hù)與利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張志剛團(tuán)隊(duì)于2020年2月2日開始對(duì)之前發(fā)表的馬來穿山甲病毒組學(xué)數(shù)據(jù)(該數(shù)據(jù)由2019年3月24日無法救護(hù)成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進(jìn)行重新組裝和全面系統(tǒng)地分析，發(fā)現(xiàn)這批馬來穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-C

云南大學(xué)省部共建云南生物資源保護(hù)與利用國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室張志剛團(tuán)隊(duì)于2020年2月2日開始對(duì)之前發(fā)表的馬來穿山甲病毒組學(xué)數(shù)據(jù)(該數(shù)據(jù)由2019年3月24日無法救護(hù)成功的穿山甲肺的樣本獲取)（Liu et al. 2019, Viruses 11, 979）進(jìn)行重新組裝和全面系統(tǒng)地分析，發(fā)現(xiàn)這批馬來穿山甲攜帶SARS-CoV-2相近的冠狀病毒（命名為Pangolin-CoV），其與SARS-CoV-2和BatCoV RaTG13（武漢病毒所石正麗團(tuán)隊(duì)報(bào)道）的基因組相似性分別為91.02%和90.55%。Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的親緣關(guān)系僅次于RaTG13，但是Pangolin-CoV與SARS-CoV-2的S1功能基序高度一致，涉及與人類ACE2受體互作的五個(gè)關(guān)鍵氨基酸殘基完全一致，而RaTG13發(fā)生了四個(gè)突變，提示了Pangolin-CoV與SARS-CoV-2具有相似的宿主細(xì)胞識(shí)別能力。 新冠肺炎疫情(COVID-19)自2019年底爆發(fā)以來，迅速在世界范圍擴(kuò)散流行，新冠肺炎疫情是由嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合癥冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）引起的，控制COVID-19全球大流行，病毒溯源及其傳播途徑研究是當(dāng)前的關(guān)鍵任務(wù)之一。 該研究首次全面澄清了SARS-CoV-2與穿山甲冠狀病毒（Pangolin-CoV）、蝙蝠冠狀病毒（RaTG13）、2003年非典型肺炎冠狀病毒（SARS -CoV）以及2015年中東呼吸綜合征冠狀病毒（MERS-CoV）的關(guān)系，認(rèn)為除了蝙蝠和穿山甲之外，SARS-CoV-2還存在其它未知中間宿主，為進(jìn)一步攻克病毒源頭和傳播路徑提供了寶貴的參考。同時(shí)，該研究也呼吁保護(hù)加強(qiáng)野生動(dòng)物保護(hù)和管理，保護(hù)野生動(dòng)物，就是保護(hù)人類自己。