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左永春教授課題組在利用人工智能篩選早期胚胎發(fā)育關(guān)鍵標(biāo)記研究中取得新進(jìn)展
人類早期胚胎發(fā)育雖然只有大約7天的時(shí)間，但是卻經(jīng)歷了關(guān)鍵的分子事件，其中包括合子基因組激活（ZGA）和早期胚胎細(xì)胞的命運(yùn)決定。伴隨測(cè)序技術(shù)的進(jìn)步，單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)可以有效地揭示早期胚胎發(fā)育的細(xì)胞命運(yùn)決定的轉(zhuǎn)錄圖譜，但是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)也存在許多問題，例如dropout事件（表達(dá)的基因未被檢測(cè)到），這使得差異分析方法在處理單細(xì)胞受到了限制。本研究中通過使用F-score算法和差異分析方法（limma，edgeR和DESeq）在人類早期胚胎單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組中得到兩個(gè)關(guān)鍵的基因集。通過比較先前研究中關(guān)鍵的基因來分析兩種方法的不同，POU5F1（OCT4）在細(xì)胞多能性的獲得和維持中起到了重要的作用，但是在差異分析方法中卻被排除，而F-score算法卻可以獲得。我們通過研究基因的表達(dá)趨勢(shì)發(fā)現(xiàn)，差異分析方法對(duì)于在多個(gè)時(shí)期高表達(dá)的基因會(huì)被排除，這對(duì)于胚胎發(fā)育中的細(xì)胞的異質(zhì)性是十分不利的。
內(nèi)蒙古大學(xué)
2021-02-01
清華大學(xué)生命學(xué)院頡偉課題組發(fā)文揭示DNA甲基化通過去記憶化構(gòu)建早期胚胎發(fā)育的表觀屏障
早期胚胎發(fā)育起始于高度特化的精子和卵子的結(jié)合，從而形成全能性的受精卵。在這個(gè)過程中，表觀遺傳信息重編程對(duì)于擦除親本表觀遺傳記憶和重建細(xì)胞全能性十分重要。
清華大學(xué)
2021-12-28