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本發(fā)明實施例提供一種估計基因組育種值的方法及裝置，該方法包括：根據(jù)矩陣M?1的子塊數(shù)和預設的MPI進程數(shù)n，確定MPI進程MPIi讀取的根據(jù)表型數(shù)據(jù)文件的記錄條數(shù)、矩陣A?1中的個體數(shù)和所述MPI進程數(shù)n，確定MPI進程MPIi讀取的系數(shù)矩陣Wi和根據(jù)MPI進程MPIi的系數(shù)矩陣Wi和確定待估計的基因組育種值。本發(fā)明實施例可以實現(xiàn)計算機資源與運算速度的最優(yōu)化，節(jié)約運算時間，提高工作效率。

放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴重的晚期不良反應之 放療是鼻咽癌首選的治療方式，而放療引起的放射性腦損傷是鼻咽癌患者最嚴重的晚期不良反應之 一。該不良反應往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質(zhì)量。放射性腦損傷一旦發(fā)生，治療頗為困 一。該不良反應往往具有不可逆性，極大地影響患者的生活質(zhì)量。放射性腦損傷一旦發(fā)生，治療頗為困 難，因此，對接受放療的鼻咽癌患者進行放射性腦損傷發(fā)病風險預測，對高危個體提前采取針對性的保護措施，實現(xiàn)腫瘤的個體化治療，顯得尤為重要。 本發(fā)明公開了DISC1FP1基因上的SNP位點rs10501719作為與腫瘤放療引起的放射性腦損傷發(fā)病風險相 關的標志物的應用。同時，制備得到一種預測腫瘤放療引起的放射性腦損傷發(fā)病風險的試劑盒，利用該試 劑盒檢測SNP標志物分型，聯(lián)合患者臨床信息可以更加全面準確的評估鼻咽癌患者發(fā)生放射性腦損傷的患 病風險。

2020年3月8日，安徽師范大學在bioRxiv上上傳了一篇題為Genome-widedata inferring the evolution and population demography of the novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) 的研究分析，作者使用10個新測序的SARS-CoV-2基因組，并結合GISAID數(shù)據(jù)庫中的136個基因組，通過不同的分析方法（如EBSP、錯配和中性檢測等）研究前三個月數(shù)據(jù)的遺傳變異和統(tǒng)計。 結果顯示80個單倍型共有183個突變位點，包括27個簡約性信息位點和156個單一位點。對遺傳多樣性的滑動窗口分析表明，SARS-CoV-2基因組豐度的變化有一定范圍，這可以解釋目前這種病毒的廣泛和高適應性。遺傳學分析不支持穿山甲是中間宿主。在最初的單倍型（H14）中，一個患者樣本居住在華南海鮮市場附近（約2公里），這表明患者有無意識接觸該市場史的可能性很高。然而，基于這個線索，也無法準確斷定這個市場是否是SARS-CoV-2的起源中心。此外，從這個市場收集的16個基因組，包含10個單倍型，表明市場在短期內(nèi)出現(xiàn)循環(huán)感染，這可能導致武漢和其他地區(qū)爆發(fā)SARS-CoV-2。EBSP結果顯示，第一個估計的擴展日期從2019年12月7日開始，這表明SARS-CoV-2的傳染可能在11月中下旬開始。

本發(fā)明涉及基因工程技術領域，具體公開了VvSUC27基因(GenBank登錄號：AF021810)在促進植物攝取外界蔗糖中的應用以及其在促進植物生長(尤其是在弱光環(huán)境或無光環(huán)境中生長)中的應用。本發(fā)明通過過表達VvSUC27基因，促進了植物攝取外界蔗糖，同時可使轉(zhuǎn)基因植物出現(xiàn)快速生長的表型，并且可以在微光甚至使無光下快速生長，證實了該基因的一個新的功能應用。VvSUC27基因的克隆和轉(zhuǎn)基因的應用，有望應用于肉質(zhì)根或塊根植物及花卉等植物的培育中，使得植物即使在無光下也能快速生長，有利于節(jié)約光能減少能源的浪費。

本發(fā)明涉及預測重型肝炎病情基因的甲基化狀態(tài)檢測的方法及試劑，提取病人外周血單個核細胞 DNA 進行亞硫酸氫鹽修飾后，分別用谷胱甘 肽 S-轉(zhuǎn)移酶 M3 甲基化（M）特異性和非甲基化（U）特異性引物對進行甲基化 特異性聚合酶鏈式反應，根據(jù)擴增產(chǎn)物判斷其甲基化狀態(tài)，有助于臨床醫(yī)生判 定重型肝炎患者的病情和指導治療。

研發(fā)階段/n口蹄疫（FMD）是引起的人及偶蹄動物共患的一種烈急性、高度接觸性、發(fā)熱性傳染病。FMD在世界上許多國家流行，造成重大的經(jīng)濟損失和政治影響。口蹄疫病毒（FMDV）屬于小RNA病毒科（Picornaviridae），口蹄疫病毒屬（Aphthovirus），該病毒為單股正鏈小RNA病毒，基因組長約8500個核苷酸，主要由結構基因（P1區(qū)）和非結構基因（P2、P3區(qū)）等構成。該發(fā)明具體涉及一種新的含有口蹄疫病毒主要免疫原性基因的重組偽狂犬病弱毒疫苗株，該毒株屬于豬偽狂犬病毒：Pseudorabi

研發(fā)階段/n這是免疫性狀相關基因?qū)＠ㄟ^本專利的應用，在豬育種中可以提高豬的免疫力和抗病力，節(jié)約醫(yī)藥成本，提高經(jīng)濟效益。

本發(fā)明公開了一種端粒酶啟動基因表達方法(Telomerase?Activating gene Expression，Tage)及其應用，該表達方法基于端粒酶可結合并延長DNA分子末端的端粒酶識別序列，合成新的端粒重復序列的特性，將端粒酶特有的生物學功能與人工轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控細胞基因表達技術相結合，發(fā)展了Tage新方法。Tage技術在細胞中可以有效發(fā)生，人工轉(zhuǎn)錄因子可激活效應基因在端粒酶陽性細胞中的表達，效應基因的表達產(chǎn)物可有效殺滅腫瘤細胞，本發(fā)明證明Tage技術可用于殺滅腫瘤細胞，而對無端粒酶活性的細胞

一直以來，自從第二代高通量測序技術開發(fā)至今，基因組測序成本已經(jīng)降低到3000美元，我們馬上就要來到1000 dollar genome 的時代。然而從復雜冗余的基因序列中解讀出與疾病相關，與藥物相關的重要信息，已經(jīng)成為當前生物信息學已經(jīng)成為生物信息學中最重要的挑戰(zhàn)。面對該挑戰(zhàn)，程容海等人開發(fā)了一個在線的個人基因組解碼平臺（Virtual Pharmacist）。它可以支持分析目前主流的生物信息學數(shù)據(jù)格式，并且通過該軟件后臺的數(shù)據(jù)庫和算法，挖掘出個人基因組中的基因突變（Single Nucleotide Polymorphism）與藥物反應的關聯(lián)性分析。該平臺只需要用戶上傳SNP數(shù)據(jù)文件，或者是高通量測序文件便可以自動完成包括生物信息學分析，基因組信息解讀（genomic interpretation），并最終呈現(xiàn)給用戶一份詳細的，用戶友好的，關于195種藥物反應的基因檢測報告。

01.成果簡介 CRISPR/Cas9是細菌在長期演化過程中形成的一種適應性免疫防御系統(tǒng)。其工作原理是crRNA通過堿基配對與tracrRNA結合形成tracrRNA/crRNA復合物，此復合物引導核酸酶cas9蛋白在與crRNA配對的序列靶位點剪切雙鏈DNA。經(jīng)過研究，通過人工設計tracrRNA/crRNA，改造形成具有引導作用的sgRNA，可以引導Cas9蛋白在多種細胞的特定基因組位點上進行切割、修飾，并最終實現(xiàn)基因突變、插入或缺失。因此，CRISPR/Cas9系統(tǒng)已經(jīng)被廣泛應用于基因編輯技術領域。 近年來，CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)在真核生物和原核生物中得到了廣泛的應用。在大腸桿菌等革蘭氏陰性菌中，用一個載體表達cas9基因，同時由于革蘭氏陰性菌重組效率低，需要在這個載體上表達λ-RED重組酶；在另一個載體中表達sgRNA和用于同源重組的同源臂序列。兩個載體都轉(zhuǎn)入大腸桿菌中時，sgRNA介導Cas9蛋白切割基因組上特定序列，形成雙鏈斷裂，刺激同源重組的發(fā)生，從而實現(xiàn)基因編輯。 本項成果構建了適用于鹽單胞菌的基于CRISPR/Cas9的基因編輯系統(tǒng)。該系統(tǒng)由兩個載體組成：第一個載體表達Cas9基因，且不需要表達λ-RED重組酶，實際操作中不再需要誘導λ-RED重組酶的表達，簡化了步驟流程；第二個載體表達sgRNA，并含有用于同源重組的同源臂序列。從而實現(xiàn)了基因編輯。本項成果的技術優(yōu)勢包括： （1）基因編輯時間由原有的20余天縮短到7-8天； （2）N個基因編輯時間由原有的N個月縮短到3+5N天； （3）無需表達λ-RED重組酶。                        圖1 鹽單胞菌TD01進行基因編輯的流程示意圖02.應用前景 本項成果可作為CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng)的載體，廣泛應用于基因編輯領域。03.知識產(chǎn)權 本項成果已申請1項發(fā)明專利。04.團隊介紹 本項目為多團隊合作項目，其中一個團隊的負責人為清華大學教授，博士生導師，長江學者特聘教授，國家杰出青年基金獲得者。主要研究方向為合成生物學、微生物代謝工程、生物材料、工業(yè)生物技術。已發(fā)表國內(nèi)外高水平學術論文數(shù)十篇，申請專利70余項。05.合作方式 投融資。06.聯(lián)系方式郵箱：zhangxinrui@tsinghua.edu.cn