物種逐步衰退以至走向瀕危是環境和物種進化歷史共同作用的結果。人類活動、棲息地破碎化和遺傳多樣性喪失是導致物種瀕危的主要因素。目前，保護基因組學（Conservation Genomics）已成為探討物種瀕危機制的一種新手段，并在制定瀕危物種的保護規劃方面具有重要作用。 褐馬雞在歷史上曾分布廣且數量多，但后來種群持續下降，目前僅在河北、北京、山西和陜西的局部山地分布，形成了東部（河北、北京的太行山）、中部（山西呂梁山）、西部（陜西黃龍山）三個彼此隔離的地理種群。北京師范大學張正旺教授團隊聯合哈佛大學、中山大學、中國環境科學研究院、臺灣師范大學等單位的研究人員，首次揭示了我國特有鳥類褐馬雞（Crossoptilon mantchuricum）瀕危的遺傳學機制。 在長期野外生態學研究的基礎上，采用高通量測序技術對褐馬雞三個地理種群的40只個體及其近緣物種藍馬雞的11只個體進行了種群基因組分析（圖-2）。發現褐馬雞遺傳多樣性比朱鹮、白尾海雕等瀕危物種更低的（圖-3a）；各地理種群之間存在明顯的遺傳差異，彼此之間幾乎不存在基因流。三個地理種群均存在較為嚴重的近交，積累了較多的有害突變。褐馬雞的有效種群大小在大約三萬七千年前開始持續下降，并在近代明顯加速，而與此同時我國漢族人口快速增多，表明褐馬雞的種群下降可能與人類活動的持續增加有密切關系（圖-3b）。基于此提出人類活動干擾和棲息地破碎化是導致褐馬雞遺傳多樣性喪失的主要原因，呼吁應進一步減少保護區內的人類活動以促進其野生種群的復壯。另一方面，作者建議采用基因組學技術來挑選出含有較少有害突變的個體進行褐馬雞種群間的基因交流，在其歷史分布區開展再引入工作，以逐步恢復褐馬雞的遺傳多樣性和種群大小。